附著玻璃器皿上的污垢大致有兩類，一類是用水即可清洗干凈的，另一類則是必須使用清洗劑或特殊洗滌劑才能清洗干凈的。在實驗中，無論附在玻璃器皿上的污垢屬哪一類，用過的器皿都應立即用洗瓶機清洗。
盛過糖、鹽、淀粉、泥砂、酒精等物質的玻璃器皿，用洗瓶機沖洗即可達到清洗目的。應注意，若附著污物已干硬，可將器皿在水中浸泡一段時間，再用毛刷邊沖邊刷，直至洗凈。
玻璃器皿沾有油污或盛過動植物油，可用特制的洗滌劑進行清洗。清洗時要用毛刷刷洗，用此洗滌劑也可清洗附有機油的玻璃器皿。玻璃器皿用洗滌劑清洗后，還應用清水沖凈。
對附有焦油、瀝青或其他高分子有機物的玻璃器皿，應采用有機溶劑，如汽油、苯等進行清洗。若還難以洗凈，可將玻璃器皿放入堿性洗滌劑中浸泡一段時間，再用濃度為5%以上的碳酸鈉、碳酸氫鈉、氫氧化鈉或磷酸鈉等溶液清洗，甚至可以加熱清洗。
在化學反應中，往往玻璃器皿壁上附有金屬、氧化物、酸、堿等污物。清洗時，應根據污垢的特點，用強酸、強堿清洗或動用中和化學反應的方法除垢，然后再用水沖洗干凈。使用酸堿清洗時，應特別注意安全，操作者應帶橡膠手套防護鏡，操作時要使用鑷子，夾子等工具，不能用手取放器皿。
光學玻璃表面發霉，是一種常見現象。當光學玻璃生霉后，光線在其表面發生散射，使成像模糊不清，嚴重者將使儀器報廢。光學玻璃生霉的原因多是因其表面附有微生物孢子，在溫度、濕度適宜，又有所需″營養物″時，便會快速生長，形成霉斑。對光學玻璃做好防霉防污尤為重要，一旦產生霉斑應立即清洗。
